Trong Fruit Ninja, người chơi chém các loại trái cây với một lưỡi kiếm được điều khiển thông qua màn hình cảm ứng. Khi trái cây được tung lên, người chơi trượt ngón tay qua màn hình để tạo ra một đường chém nhằm chẻ đôi chúng.[11] Người chơi sẽ được cộng điểm thưởng nếu chẻ được nhiều trái cây trong một lần chém và có thể dùng thêm các ngón tay khác để thực hiện nhiều đường chém cùng một lúc.

Trong chế độ Classic, người chơi phải chém được tất cả số trái cây được tung lên và nếu chém trượt 3 quả thì trò chơi sẽ kết thúc. Nhưng khi đạt được số điểm là cấp số nhân của 100, người chơi sẽ được thêm một mạng (trừ khi họ chưa chém trượt quả nào). Thỉnh thoảng bom sẽ được tung lên và trò chơi cũng sẽ kết thúc nếu chúng bị chém trúng.[11] Chế độ Zen cho phép người chơi không bị bom cản trở và có 90 giây.[12] Còn trong chế độ Arcade thì người chơi sẽ chỉ có 60 giây nhưng được bổ sung các loại chuối cho phép nhân đôi số điểm (Double Points), tăng số quả được tung lên (Frenzy) hoặc làm trái cây chuyển động chậm lại và đóng băng thời gian trong một khoảng thời gian ngắn (Freeze). Quả lựu (Multi-slice Pomegranate) có thể được chém nhiều lần, đôi khi xuất hiện trong chế độ Classic và luôn xuất hiện khi mỗi màn chơi ở chế độ Arcade kết thúc. Bên cạnh đó còn có quả thanh long, xuất hiện trong chế độ Classic, rất hiếm khi có và có giá trị 50 điểm.[13]

Vào lễ kỷ niệm 2 năm ngày ra mắt của Fruit Ninja, Halfbrick cho ra mắt bản cập nhật với một tính năng mới gọi là Gutsu's Cart. Người chơi có thể thu thập quả khế trong các màn chơi để mua những vật phẩm có ở Gutsu's Cart,[14] bao gồm Berry Blast (khiến quả dâu tây nổ tung khi bị chém và người chơi được cộng thêm 5 điểm), Peachy Time (chém một quả đào trong hai chế độ Zen hoặc Arcade sẽ kéo dài thời gian thêm 2 giây), Bomb Deflect (khiến bom không phát nổ khi bị chém phải và đánh bay quả bom ấy đi) và mua khế (bằng tiền thật, US$ cho máy dùng iOS và đ cho máy dùng Android). Người chơi sẽ nhận được số khế tương ứng với điểm số khi màn chơi kết thúc.[14]

Chế độ nhiều người chơi được hỗ trợ trên các thiết bị iOS thông qua ứng dụng Game Center của Apple, cho phép lối chơi cạnh tranh cũng như các bảng xếp hạng. Trong các màn chơi nhiều người, lưỡi kiếm và trái cây của người chơi có màu đỏ, khác với màu xanh dương của đối thủ. Người chơi chỉ được chém trái cây của mình và phải tránh trái cây của đối thủ. Những loại trái cây có màu trắng có thể được chém bởi cả hai người và có giá trị 3 điểm.[15][16] Phiên bản dành cho iPad của trò chơi có chất lượng đồ họa được cải tiến và cho phép hai người chơi trên cùng một thiết bị.[2] Người chơi có thể chia sẻ điểm số của mình thông qua Open Feint, Twitter và Facebook.[12]

Vào lễ kỷ niệm 5 năm ngày ra mắt của Fruit Ninja, Halfbrick cho ra mắt bản cập nhật mới (2.3.3), sẽ xuất hiện táo vàng và 1 phần chơi gọi là Festival. Trong phần Festival có 2 chế độ chơi là Tournament và Mini Games. Trong Tournament, người chơi sẽ phải đấu với 6 ninja (Truffles, Nobu, Mari, Han, Katsuro và Rinjin) và mất 10 quả táo vàng (nhận Golden Ember Blade sẽ được miễn phí). Người chơi chỉ được chém quả màu xanh (1 điểm, nếu đạt combo sẽ được số điểm gấp 3 lần số điểm trong phần chơi thường, nếu ninja chém vào sẽ mất 5 điểm và người chơi được 1 điểm), quả màu trắng (10 điểm), không chém quả màu đỏ (mất 5 điểm, ninja được 1 điểm) và không chém bom (mất 20 điểm). Thắng Rinjin, bạn sẽ được Golden Ember Blade (chém 1 quả được chém quả đó thêm 1 lần nữa, nếu sau 3 giây không chém thì nó sẽ tự tách ra và không có điểm). Còn trong Mini Games, có 6 kiểu chơi là Cherry Bomb, Swarm, Time Attack, Juggle, Fortune và Quick Draw. Mỗi lượt chơi một trong 6 kiểu sẽ mất 100 quả khế. Cứ chém 1 quả bom là mất 10 hoặc 20 điểm và thời gian chơi của mỗi game là 45 giây (trừ Time Attack - 20 giây). Trong phần Cherry Bomb, chém những quả sơ-ri gần bom để được 10 điểm và được Combo Blitz (+5 điểm). Chém được 1 quả nữa sẽ được Great Blitz (+10 điểm) và sau đó cứ cộng thêm 5 điểm vào Blitz (Awesome Blitz (+15), Super Blitz (+20), Hyper Blitz (+25) và cao nhất là Unbelieveable Blitz (+30)). Phần chơi này được dùng Northern Light Blade. Trong phần Swarm, người chơi phải chém quả và đẩy bom ra chỗ khác. Mỗi lượt sẽ xuất hiện 1 quả. Phần chơi này được dùng Flame Blade. Trong phần chơi Time Attack, sẽ có những quả chanh sáng (+1 giây). Cách chơi giống như chơi phần Arcade. Phần chơi này được dùng Firework Blade. Trong phần chơi Juggle, sẽ có những quả thanh long vàng. Người chơi phải chém thanh long vàng và chém quả Berry Blast để làm nổ thanh long vàng. Khi hết thời gian, những quả thanh long vàng sẽ tự động nổ. Phần chơi này được dùng Wind Blade. Trong phần chơi Fortune, sẽ xuất hiện những chiếc bình (bên trong có 3 trái cây, có cơ hội được 1 bình khác ở trong. Phần chơi này dùng Caligraphy Brush Blade. Trong phần chơi Quick Draw, sẽ xuất hiện nhiều bom và có ít quả. Phần chơi này được dùng Lightning Blade.